學(xué)校創(chuàng)建于1958年，前身為連云港市衛(wèi)生學(xué)校，1988年經(jīng)江蘇省人民政府批準(zhǔn)更名為江蘇省連云港中藥學(xué)校，1996年成為全國(guó)中等中醫(yī)藥專業(yè)教育達(dá)標(biāo)學(xué)校，2001年成為國(guó)家中醫(yī)藥管理局全國(guó)11所重點(diǎn)中等中醫(yī)藥學(xué)校之一。2004年3月，經(jīng)江蘇省教育廳批準(zhǔn)，建立連云港中醫(yī)藥高等職業(yè)技術(shù)學(xué)校（同時(shí)增掛江蘇聯(lián)合職業(yè)技術(shù)學(xué)院連云港中醫(yī)藥分院）。2005年1月，被教育部認(rèn)定為第二批國(guó)家級(jí)重點(diǎn)中等職業(yè)學(xué)校。目前，學(xué)校在連云港市新區(qū)社會(huì)事業(yè)園區(qū)新征凈地215.9畝，按5000人規(guī)模進(jìn)行規(guī)劃，整體方案已經(jīng)確定。